Après des études au Conservatoire National de Région de Rouen où il obtient les premiers prix de lecture instrumentale, musique de chambre, harmonie et un premier prix d'excellence en clarinette, Sébastien Billard décide de se consacrer à la direction d'orchestre. Il entre au Conservatoire National de Reims où il étudie avec Messieurs Koch et Béreau et obtient en 1990 un Premier Prix de direction d'orchestre.
La même année, Sébastien Billard entre au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris. Il y travaille l'écriture avec Jean-Claude Raynaud, l'analyse et l'orchestration avec Michaël Lévinas et la direction d'orchestre avec Jean-Sébastien Béreau. Il suit également les master-classes de Maître Chung. En 1993, il obtient l'unique Premier Prix de direction d'orchestre au CNSMP.
Sébastien Billard dirige les orchestres d'Avignon et de Nancy lors de sessions organisées pour des jeunes chefs d'orchestre. De septembre 1993 à juin 1996, il assure la direction musicale des orchestres symphonique et de chambre du Conservatoire National de Région de Rouen avec lesquels il multiplie les concerts à Rouen, Paris, au festival des Falaises Musicales et crée en France des oeuvres d'Andreï Golovine.
En 1996, il prend la direction musicale des Choeurs de Rouen-Haute-Normandie et est nommé chef adjoint de l'Orchestre de la Garde Républicaine en 1997.
A la tête du Choeur et Orchestre des Grandes Ecoles depuis 1994, il assure pour la saison 1997-1998 la direction musicale de la Grande Formation.